A posztdoktori képzés* egy hatéves ciklusprogram, melyből 3-4 évet a hazai, 2-3 évet pedig külföldi kutatóműhelyben tölt el a kutató. Ezen a szinten az ösztöndíj mértéke havi 250 000 Ft (a fizetésen felül). A Szent-Györgyi Mentor és a Szent-Györgyi Posztdoktor együtt döntheti el, hogy a hatéves ciklus mely részét tölti külföldön. Külföldi műhelynek csak olyan kutatóhely választható, amelyet a kuratórium előzetesen felvett a külföldi kutatóműhelyek közé (melyek jellemzően multidiszciplináris folyóiratokban közölnek). A Szent-Györgyi Posztdoktornak a hazai a ciklus alatt önálló kutatási pályázattal (pl. NKFIH) kell rendelkeznie.

Ezen periódus célja, hogy a Szent-Györgyi Posztdoktor a 6 év alatt önállósodjon, és olyan tapasztalatokat szerezzen külföldön, melyeket később itthon meghonosíthat, ideális esetben ugyanazon a szinten (Szent-Györgyi Mester Szenior Kutató) vagy az adott szakterület csúcsszintjén (Szent-Györgyi Szenior Kutató).

Be- és kikerülés*: A programba első körben a végzett Szent-Györgyi PhD hallgatók kerülhetnek be. A programba menet közben is be lehet kerülni, ha üresedés van, és a jelölt rendelkezik a fentebb leírt kritériumokkal. A kutatónak évente nemzetközi konferencián kell szerepelnie, illetve év végén jelentést kell készítenie mind a Szent-Györgyi Mentornak, mind a Szent-Györgyi Posztdoktornak. Ebben az időszakban kapcsolódik be a Szent-Györgyi Nemzetközi Mentor is a képzésbe, így adott esetben a jelentést már három főnek kell már készítenie. A Szent-Györgyi Nemzetközi Mentor egy később kidolgozandó módszerrel szintén elismerést kap az Szegedi Tudós Akadémiát (SZTA-t) működtető Alapítványtól (illetve az egyetemtől, várostól, és/vagy az MTA-tól).

Minden év végén a kuratórium dönt arról, hogy a Posztdoktor ösztöndíjas marad-e a következő évben. A kikerültek helye, amennyiben más hallgató megüti a színvonalat, betölthető.

A kutatónak hat év alatt legalább három 8-as impakt faktor feletti közleményben kell szerepelnie, melyből legalább egy elsőszerzős. Ha a Szent-Györgyi Posztdoktor nem teljesíti a kritériumokat, részletes indoklással halasztást kérhet a kuratóriumtól. A végzés maximum három évvel meghosszabbítható, de erre az időszakra az SZTA ösztöndíjat nem biztosít. A követelményeket sikeresen teljesítő Szent-Györgyi Posztdoktorok a végzéskor oklevelet kapnak. A három legsikeresebb Szent-Györgyi Posztdoktor arany, ezüst, illetve bronz oklevelet kap (3 000 000, 1 500 000, ill. 750 000 Ft összeggel).
*Az Alapítvány jelenleg a Szent-Györgyi PhD hallgató szint eléréséig (Szent-Györgyi Hallgató végzéséig) tudja finanszírozni a programot. Az életpályamodell ezen szakaszát csak új anyagi forrás bevonásával lehet megvalósítani.